Používateľmi (klientmi) riešenia eCOLKO sú právnické osoby - subjekty, ktoré dovážajú, vyvážajú alebo prepravujú tovar podliehajúci colnému dohľadu v zmysle platnej legislatívy. Používatelia s pomocou riešenia eCOLKO vystavujú príslušné doklady a komunikujú s Colnou správou. Používateľmi môžu byť subjekty priamo zodpovedné za tovarové transakcie, alebo subjekty zastupujúce v colnom konaní (špedičné firmy).